卵巢早衰是妇科领域难以治疗的疾病之一，就想人类不能返老还童一样，卵巢一旦提早进去了衰退期，就再也无法令它返回到原来的状态，故治疗上不可能根治，只能对症治疗。

对于有生育要求的年轻妇女，发现卵巢功能衰退，如果未绝经，应积极到不孕专科医生处就诊，短期内行促排卵、人工授精甚至试管婴儿技术助孕，但总妊娠率低，是世界性难题。如果已经绝经，需尽快才欧永卵泡复苏法，即使用大剂量雌、孕激素或者口服避孕药下调FSH，停药后可有5%出现排卵或者自然妊娠。上诉方法的疗效随绝境时间延长而减弱。如果已经绝经或卵泡复苏法无效，则只能依靠赠卵受孕。

对于没有生育要求的患者，治疗目的主要是为了提高生活质量，使患者平稳地度过围绝经期。一般使用小剂量的雌、孕激素序贯疗法，以减轻血管舒缩症状，舒缓生殖器官萎缩，预防骨质疏松，心血管疾病的发生。对于合并自身免疫性疾病的患者，需至内科进行系统治疗，待自身免疫性疾病控制稳定后，可能会对卵巢早衰有一定的恢复作用。